Pada 12 November 2008, Ketua Polis Negara, Tan Sri Musa Hassan kesal kerana JHEAT menyatakan Ayah Pin tidak perlu ditangkap. Musa Hassan menjelaskan pertikaian itu dalam seminar memperkasakan pentadbiran keadilan di mahkamah syariah di Universiti Islam Antarabangsa (UIA) Gombak. Padahal Ayah Pin didakwa di bawah Seksyen 10 Enakmen Kesalahan Jenayah (Takzir) (Terengganu) 2001 kerana dikatakan bertindak menghina pihak berkuasa agama di rumahnya di Kampung Batu 13, Mukim Tenang, Hulu Besut pada 20 Julai 2005. Ayah Pin mengingkari fatwa bahawa ajaran yang diamalkannya sesat dan menyeleweng serta boleh membawa ancaman kepada ketenteraman awam serta boleh merosakkan akidah. Polis bimbang tanggapan ramai bahawa polis tidak memberi kerjasama dan penyelarasan dengan jabatan agama Islam.[14][15]

Tetapi pada 13 November 2008, Jabatan Hal Ehwal Agama Terengganu (JHEAT) menjelaskan bahawa pihaknya tidak pernah mengeluarkan sebarang arahan rasmi kepada pihak polis Terengganu supaya jangan menahan Ayah Pin yang dikesan pulang ke Terengganu, dari Selatan Thailand. Ketua Penolong Pengarah Penguatkuasa JHEAT, Mohamad Nor Mohamad menegaskan tiada perbincangan diadakan dengan polis berhubung Ayah Pin.[16] Setakat ini status siasatan JHEAT terhadap Ayah Pin kini masih di peringkat mencari bukti. Walaupun ada cakera padat Ayah Pin tetapi tidak dapat dibuktikan bila ia berlaku dan apakah ciri-ciri ajaran-ajaran tersebut. [17]